一年一度的毕业季再次来临，高考后的学子们都在做什么呢？也许是在努力充实自己，又或者是努力打破毕业就分手的魔咒？其实说起爱情总是让人唏嘘的，上学的经历总会让你和心中的那个他/她分别，喜欢的对象总会在不经意间离开，有时候想要珍惜却不知该怎么做，就好像那部秒速五厘米。
贵树和明里是东京的小学生，少女慢慢走远，撑开粉红色的樱花伞，回望贵树，约定了一起去看樱花，此时的明里还不知道他们即将分离。贵树因为父母工作的关系，总是不断的转学，可他们的信件却还是不断。时光悄然而逝，一封一封的信件让少年露出了笑容，他珍爱着明里，不过因为父母工作的关系，他也即将要离开这所学校前往鹿儿岛上学。尽管贵树所在的地方，距离明里所在的东京已经隔开了好多个站。
贵树为了再次见到明里，计划了很多事情，红色的笔记划过了每一个车站，明里的信再次展开，鹿儿岛已经不再是他如果着急就可以随时随地做新干线就能抵达的距离，虽然栎木也已经足够远了，他们也已经半年没有见面了。在一天的足球社团结束后，明里和贵树约定的时间也已经到达了，贵树再次接到了明里的信，他们约定好，要再次见面。
贵树很开心，也很紧张，他们已经一年不见，他心中也在犹豫，再次见面，他们两人早已变化很多，他甚至剪了短发，明里也一定会变得不一样，他们两个真的能够认出彼此吗?今天贵树特意推了社团的训练，再次打开那标满了车站的纸张，贵树突然感觉到了一丝寒意，同学们交谈的声音落入了耳旁。原来马上就要下雨，随后更会飘起雪花，怪不得会这么冷，贵树漫步在街道两旁，双手接住了天空中飘散的雪花。他忽然回忆起分别的那天明里喃喃的自语，贵树，你知道吗？樱花飘落的速度是每秒5厘米。
他们约定好了要一起看樱花，只可惜春天已过，如今也已经入冬了，不过马上能够和明里见面贵树也是感到非常的开心。因为下雪，列车已经晚点，每一个站与站之间的距离比贵树想的要大得多，贵树很不安，他看了看手表，却发现早已过了与明里约定的时间，他越发的心焦，但车却一动不动。
电车最后停在了站台，贵树和明里再次相见了，明里带着便当，和贵树一起享受食物，窗外大雪纷飞，可贵树和明里的心却是暖洋洋的，他爱着她，可他也知道她们永远没有可能在一起。这是一个多么痛苦的事实，不过也是贵树和明里两个人彼此心里都很清楚。
花苗和贵树在一个班级，她喜爱着冲浪，也喜欢着贵树，可是她的友人却告诉她贵树已经在东京有了女朋友，花苗并不相信，但是她的成绩实在太过普通，贵树是个足以考上东京大学的人而她大概也就是最普通的学校吧。于是她下定决心，在分别的前夕，如果自己能够再次冲浪，她就向贵树告白，直到有一天，她再次站在了冲浪板上，笑容满面的她约了贵树一起去约会，一颗火箭飞翔天空，贵树的眼睛注视着火箭，完全把她丢到了一边，她知道，她无法走进贵树的内心，只好把这份爱，放在心头静静地看着他远离。
贵树已然考上了东京的大学，他想要去更高的地方。不知为何，每次他的脑海中总是会回忆起明里的样子，就连苗苗也无法在他的内心占有任何的地位。他的梦中出现的依然是那个少女，他只能依靠不停的工作将自己解脱。
又是一年樱花飘落的路上。在列车的途中，他与一个少女擦肩而过，蓦然回首，贵树却无比的相信，那个人就是明里，自己深爱着的明里，可惜少女已经在他的面前错过，他也无法追上少女，可贵树却突然笑了，或许他的心已经平静，错过的就是错过了，他们之间错过的已经不止秒速五厘米。